Udgravningerne
Den første udgravning ved Øm Kloster foregik i 1896, hvor Nationalmuseet iværksatte en gravning i håb om at finde klosterruinerne.
I årene 1910-1941 udgravede Nationalmuseet kirken, dele af østfløjen, de vestlige økonomibygninger samt klostrets mange grave i kirken og på den nordlige kirkegård.
Da udgravningerne stoppede i 1941, var klosterruinen adskilt i to dele af landsbyen Emborgs hovedgade, men da denne blev ført nord om klosterkomplekset, åbnedes der mulighed for nye udgravninger. Det blev afdelingen for Middelarkæologi ved Århus Universitet, der i årene 1975-78 samt 1981 udgravede klostrets fratergård, den resterende del af klostrets østfløj og samt dettes syd- og vestfløj.
Skanderborg Museum undersøgte i 1986 dele af klostrets hospital, der lå placeret øst for østfløjen. Denne undersøgelse blev suppleret med yderligere udgravninger foretaget af afdelingen for Middelalderarkæologi ved Århus Universitet i perioden 1994-96.
Den foreløbigt sidste arkæologiske undersøgelse blev foretaget af afdelingen for Middelalderarkæologi ved Århus Universitet i 2006, hvor bl.a. den østlige klosterkanal blev undersøgt.
Historisk Samfund og Øm Kloster Museum
Historisk Samfund for Århus Stift var den egentlige stifter af Øm Kloster Museum. I 1911 havde foreningen sin sommerudflugt til landsbyen Emborg, og her erfarede medlemmerne, at der var små jordlodder til salg på klostertomten. Ved medlemmernes indsamling blev jordlodderne erhvervet af foreningen, og dette blev starten på Øm Kloster Museum.
I takt med at Historisk Samfund for Århus Stift erhvervede jordlodder, blev der foretaget arkæologiske udgravninger, og i 1924 kunne et nyetableret museum tages i brug. I 1926 blev museet suppleret med en klosterhave, hvor planterne for flere arters vedkommende fandtes på klostertomten, hvor de havde overlevet siden klostertiden.
Det foreningsejede Øm Kloster Museum overgik i 1988 til en selvejende institution Øm Kloster Museum.
Fusionering med Museum Skanderborg
Den 1. januar 2007 blev Øm Kloster Museum fusioneret med det statsanerkendte Museum Skanderborg og er nu en afdeling af det samlede Museum Skanderborg.