Under 2. verdenskrig beslaglagde den tyske besættelsesmagt i februar 1944 åndssvageanstalten Sølund og et par måneder senere hele Skanderborg Dyrehave.
Området blev afspærret med pigtråd, løbegrave og tjekkiske pindsvin, adgangsvejene blokeret med pansergrave, og tyskerne begyndte opbygning af et større anlæg i skoven for at etablere Luftwaffes danske hovedkvarter. Tyskerne havde planer om at opføre et større bunkeranlæg, men kun seks bunkers nåede at blive bygget færdige:
- To bunkers blev etableret tæt ved søen som Luftgeneralens kommandocentral.
- En bunker ved Sølund blev opført og indrettet som telefon- og fjernskrivercentral.
- En mindre bunker midt i skoven skulle fungere som sanitetsbunker, men blev ikke færdigindrettet.
- En stor radiobunker blev opført ved Nybro.
- En sidste bunker blev opført ved Vestergade i byen som supplement til anlægget i skoven.
I skoven blev der barakker til mandskab og til centre for kontrol, varsling og kommunikation, mens generalen fik opført en bungalow og de næstkommanderende et par blokhuse. Mellem generalsvillaen og kommandobunkeren opførtes et stort blokhus til officersmesse.
Efter 1945 fik Skanderborg kommune hele området tilbageleveret. Barakkerne blev i første omgang brugt til at huse tyske flygtninge, som frem til begyndelsen af juli 1946 var interneret i flygtningelejr i Dyrehaven. Da de sidste flygtninge forlod Dyrehaven lod man hele det tyske anlæg sløjfe, undtagen bunkerne. Med deres metertykke betonvægge var de for svære at fjerne.
Officersmessen og de andre blokhuse overtog kommunen for en pris af i alt 3.000 kr. De blev i april 1948 til Skanderborg Vandrerhjem, hvilket stadig fungerer i dag.
De to bunkere ved søen blev i 1980 indrettet til museum på initiativ af en gruppe frivillige under navnet Frihedsmuseet. I 1995 blev museet en afdeling af Skanderborg Museum, i dag benævnt Museum Skanderborg.
Bunkeren ved Nybro blev overdraget til den private ejer af arealet. Sølundbunkeren blev i årene efter krigen anvendt til opmagasinering af Landsbyen Sølund, mens sanitetsbunkeren siden blev tildækket af kommunen for at undgå ulovlig brug af anlægget. Begge de to bunkers blev i foråret 2011 fritlagt og tømt og sammen med de to kommandobunkers indgår de i dag i Museum Skanderborgs formidling af besættelsestiden.
Bunkeren på Vestergade blev aldrig taget i brug af tyskerne, men i perioden 1963-1993 blev den indrettet til og fungerede som Kommandocentral for Skanderborg under Civilforsvarsstyrelsen under truslen fra "Den Kolde krig". Bunkeren ejes i dag ligesom resten af bunkerne af Skanderborg Kommune.
Museum Skanderborg har i efteråret 2011 fået mulighed for at formidle denne bunkers historie sammen med resten af anlægget.